Pada 2004-2008, Yudo dipercaya sebagai Komandan Lanal Tual, buntut kesuksesannya menjabat sebagai komandan berbagai kapal perang TNI AL.
Selepas dari kapal perang, karier Yudo Margono kian meroket dengan mengemban posisi Komandan Lanal Sorong pada 2008-2010.
Pada 2010, Yudo Margono menjabat sebagai Komandan Satkat Koarmatim.
Kemudian, ia menjadi Satkor Koarmatim pada 2011 hingga 2012.
Yudo Margono lalu ditunjuk sebagai Komandan Kolat Armabar pada masa jabatan 2012 sampai 2014.
Ayah tiga orang anak itu kemudian diberikan amanah sebagai Paban II Opslat Sops Mabesal pada 2014-2015.
Yudo Margono Menjabat Sebagai KSAL
Kariernya makin moncer, ketika pada 2017-2018, Yudo dipercaya mengemban jabatan sebagai Panglima Komando Lintas Laut Militer (Kolinlamil) dan naik pangkat menjadi bintang dua.
Tak berselang lama, Yudo menjabat Panglima Komando Armada RI Wilayah Barat (Pangarmabar) pada 2018.
Setelah itu, Yudo Margono menjabat sebagai Panglima Kogabwilhan I pada 24 September 2019.
Jabatannya sebagai Pangkogabwilhan I itu membuat karier Yudo makin moncer hingga membawanya menduduki jabatan sebagai KSAL.
Ia menjabat sebagai KSAL ke-27 sejak tanggal 20 Mei 2020 hingga sekarang.
Kariernya terus menanjak saat pemerintah memutuskan untuk memulangkan WNI dari Wuhan di awal pandemi Covid-19 pada 2020 lalu.
Yudo Margono dipercaya memimpin proses rehabilitasi yang dilakukan di hanggar Lanud Raden Sadjad, Natuna.
Selama penanganan Covid-19, Yudo pun dipercaya memimpin operasional RS Darurat Wisma Atlet Kemayoran.
Punya karier mentereng, Laksamana Yudo Margono memperoleh bintang jasa atas kariernya dalam dunia militer.