Pada babak kedua, Madura United tampil lebih agresif demi bisa mengejar ketertinggalan gol.
Serangan yang terus dibangun anak asuh Rakhmat Basuki akhirnya membuahkan hasil setelah M Risaldi mencetak gol pada menit ke-58.
Dengan demikian, skor berubah menjadi imbang 2-2. Petaka untuk Borneo FC terjadi pada menit ke-67 setelah M Risaldi kembali mencetak gol keduanya untuk Madura United.
Skor papan pun berbalik menjadi 3-2 untuk kemenangan Madura United.Hingga babak kedua usai, tim kebanggaan warga Madura itu berhasil mempertahankan keunggulan dan lolos ke babak final championship series.