Penyebab penyakit virus Hanta adalah virus dari genus Orthohantavirus. Tikus dan celurut menjadi reservoir utama penyakit ini.
Jenis tikus yang terkonfirmasi sebagai reservoir virus Hanta di Indonesia adalah Rattus norvegicus (tikus got) dan R.Tanezumi (tikus rumah).
Jenis tikus lain yang menjadi reservoir adalah R Tiomanicus (tikus belukar), R Argentiventer (tikus sawah), R Exulans (tikus ladang), Mus Musculus (mencit rumah), Maxomys Surifer dan Bandicota Indica (tikus wirok).