Manchester United mendominasi permainan di babak pertama tetapi ketinggalan satu gol melalui Karim Ansarifard di menit ke-34 lewat serangan balik untuk membawa Omonia Nicosia memimpin.
Erik Ten Hag memuji pemain pengganti Manchester United Marcus Rashford yang menyamakan kedudukan tujuh menit setelah masuk.
Rashford kemudian memberi umpan matang kepada sesama pemain pengganti Anthony Martial dan membawa Manchester United unggul 1-2.
Pemain pengganti Manchester United, Rashford menutup gol ketiga di akhir pertandingan, meski kebobolan lagi oleh Omonia Nicosia, skor 2-3 bertahan sampai wasit meniup peluit akhir pertandingan.
Hasil ini membuat Manchester United berada di urutan kedua di Grup E, tiga poin di belakang pemimpin klasemen Real Sociedad.
Sejak tahun 1992-93, lima gol terakhir United di semua kompetisi kini datang dari pemain pengganti yang menjadi rekor klub.
Erik Ten Hag menyoroti performa mereka usai pertandingan dan memuji pemain pengganti Manchester United.
Ketika ditanya apa yang dia katakan kepada para pemain di babak pertama untuk menginspirasi comeback di babak kedua, Erik Ten Hag mengatakan kepada BT Sport: "Lebih banyak lari. Kami terlalu statis.
"Kami harus membuat pergerakan, itulah mengapa kami membuat dua pergantian pemain. Pemain pengganti memiliki dampak yang brilian. Itu membuat tim lebih kuat," kata Erik Ten Hag.
"Kami memulai dengan baik, dengan beberapa peluang. Kemudian kesalahan yang tidak perlu dan sepuluh menit yang sangat buruk,” sesal Erik Ten Hag.
"Kami harus belajar dari itu. Kami membiarkan penonton menjadi hidup dan Anda harus menghindari itu," lanjut Erik Ten Hag.
Martial kini telah mencetak gol dalam pertandingan berturut-turut sebagai pemain pengganti Manchester United untuk pertama kalinya sejak Agustus 2017.
Pemain pengganti Manchester United ini mencetak dua gol dari bangku cadangan saat kalah 6-3 dari Manchester City pada akhir pekan.
"Ini benar-benar kekecewaan besar bagi tim ini dan bagi saya ketika dia cedera di 10 menit terakhir melawan Atletico Madrid di pramusim," kata Ten Hag.
"Kami merindukannya dalam beberapa minggu pertama dan itu juga berdampak pada kinerja tim kami," pungkas Erik Ten Hag dikutip dari Livescore.